真珠層の断面はブロック塀の様に重なり合っています。ブロックが炭酸カルシウムのアラレ石結晶粒。漆くいの役目がタンパク質のコンキオリン。　これらの状態によって真珠の色とか光沢に変化が生まれます。
貝の状態や水温に影響されますが、均一で透明感の強い真珠層の重なりとタンパク質等の色の重なりで光沢の強い美しいピンク色の混じった干渉色がみられます。
不規則な形の結晶が混在している真珠層の場合、良い光沢の真珠は生まれません。
自然が生み出す宝石〔真珠〕は水温の高い時期には炭酸カルシウムの結晶は大きく、水温が低くなると小さな結晶になります。これは木の年輪をイメージして頂くと解り易いと思います。冬場の緻密な巻きを業界では〔化粧巻き〕と呼んでいます。この化粧巻きの状態が良ければ光沢の良い真珠が生まれるのです。　ただ水温が下がり過ぎると貝が冬眠状態に入り結晶は生成されず表面が溶解し、光沢の無い白い真珠となります。
そこで真珠養殖は貝の状態と水温を見極めるのが重要となっています。
透明度の高く、均一な真珠層の場合、光の干渉色によってピンク系の色が出ます。
核と真珠層の間にある有機質の色が透けて見えブルー系の色が出ます。
真珠自体に存在するタンパク質中の色素の色が出て来てクリーム系とかゴールド系の色が出ます。

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